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标准瞭望塔 | 非编码RNA相关卫生信息团体标准
时间:2024年02月07日 来源:

生物体中RNA种类繁多,功能复杂,一般可以分为编码RNA和非编码RNA两大类。已经发现的非编码 RNA 在细胞内的作用多种多样,比如微小 RNAMicro RNA miRNA)以沉默靶标基因表达的方式在细胞的各种途径中发挥重要功能,包括细胞凋亡、细胞增殖等; 最早在生殖细胞中发现的 piRNAPiwi-interacting RNA), 在生殖干细胞分化、胚胎发育、维持基因组完整性、表观遗传学调控、异染色质的形成和物种的性别决定等方面起着重要作用;而长度大于 200nt 的非编码 RNA-长非编码 RNAlncRNA)更是调控着生命活动的各个方面(图1)。


2012 年,人类 DNA 元件百科全书计划(ENCyclopedia Of DNA Elements ENCODE)结果显示人类基因组中约 80%的区域被转录,但是只有2%-3%被编码成蛋白质。

随着高通量测序技术的广泛应用,越来越多的非编码 RNA 被发现,因此对非编码RNA的注释也成为一项非常重要的工作。虽然已有相关的研究团队对海量的非编码RNA数据进行收集、整理并注释,但由于缺乏注释操作的统一规程,最终导致各个数据库关于非编码RNA的注释信息不尽相同。这些信息的不规范影响了数据库的使用和非编码 RNA 的进一步研究,不利于非编码RNA信息共享和传播。因此,制定一个统一的对非编码 RNA 各种信息进行收集、整理加以注释的标准将使得这些数据库更加完备准确,也为未来非编码RNA进一步的功能研究提供详实的信息。为此,中国卫生信息与健康医疗大数据学会卫生信息标准专业委员会发挥信息化人才、技术的聚集优势,依托中国科学院生物物理研究所,联合相关科研院所、高等院校和医疗卫生机构,于20202月中旬,集中专家力量编制了《非编码RNA注释标准》和《长非编码RNA和蛋白互作标准》。《非编码RNA注释标准》从基本信息、非编码RNA的必备信息注释和非编码RNA的功能及疾病关系的注释三个方面为非编码RNA的注释信息提供了一套标准规范,保证注释信息的一致性,实现非编码RNA分析研究、交换共享所需信息的统一规范。《长非编码RNA和蛋白互作标准》的目的在于统一现有长非编码RNA与蛋白互作注释标准,使得相同测序技术分析的结果规范化和统一化,使得数据分析结果之间可以互相比较,同时也在一定程度上起到规范现有的长非编码RNA和蛋白质展示平台的作用。

该项工作由中国科学院生物物理研究所陈润生院士主持,包括中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)、浙江大学、复旦大学、清华大学、中国人民解放军总医院、北京蛋白质组研究中心、中国科学院微生物研究所、北京大学人民医院、中国科学院上海营养与健康研究所、中南大学、空军军医大学(第四军医大学)、中国科学院计算技术研究所和北京睿博解码生物科技有限公司等多家机构及企业参与研究工作。


附件:

非编码RNA注释标准 第1部分:分类信息

非编码RNA注释标准 第2部分:基本信息注释

非编码RNA注释标准 第3部分:功能及疾病注释

1-1-标准正文-长非编码RNA和蛋白相互作用注释标准-第一部分-

1-2标准正文-长非编码RNA和蛋白相互作用注释标准-第二部分-

1-3标准正文-长非编码RNA和蛋白相互作用注释标准-第三部分-



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